太安堂创始人柯玉井生活在明朝嘉靖年间的医药世家，在取得举人功名后，考入太医院，成为一名优秀的太医。但他因不畏权势，一直遭受奸臣严嵩的迫害。后来柯玉井在军中为医，除瘟疫，设布局大败蒙军；后又出京为官，斗贪官，济难民，爱民如子。柯玉井因渴望悬壶济世，辞官回乡办起医馆“太安堂”，并写成《太安堂秘笈》，这成为太安堂人秉德济世、药济苍生的镇堂之宝。 康乾盛世时期，太安堂第七代女传人柯黄氏潜心研制出“太安麒麟丸”，救助了民间许多不孕不育患者，后入宫治愈了众多皇妃的病症，被乾隆皇帝封为“送子圣母”。第八代传人柯仁轩以“一指禅推拿术”治愈诸多疑难怪病而被尊称为“柯半仙”。权臣和珅为得到秘笈，处心积虑谋划陷害太安堂的阴谋，弄得柯仁轩妻亡子散。最终乾隆派纪晓岚将案情查了个水落石出，终还太安堂一个公道。 在乱世之秋的民国，第十代传人柯廷儒传承治病救人之衣钵。柯廷儒因遭土匪绑架与我党地下交通站的短枪护送队结下了不解之缘，协助完成了多次紧急险要任务。日军以大肆屠杀无辜百姓为要挟逼迫柯廷儒将秘笈交出，而深受太安堂之恩的高桥后裔高桥井一又将秘笈送还太安堂。柯廷儒因医治霍乱疫情而旧伤复发病逝。百年太安堂和《太安堂秘笈》的命运究竟会如何，留给人们的又是一个悬念。